2023 02-28 如何将单细胞数据整理成文?这篇近9分的文章给你答案! 来源:小张聊科研平台的“ i生信”公众号,微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #肿瘤单基因#昨天的讲座(详情见文末视频)Paper小师妹Rika已经为大家浅析了一下“数据驱动”和“假设驱动”类型文章的差异,今天咱们更进一步,仔细看看昨天提到的那篇 “药理+生信”的文章是如何将“数据驱动”的单细胞数据融入“假设驱动”的整体风格,...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 02-28 基于文本挖掘和生物医学数据库的新型冠状病毒肺炎药物发现 摘要:目的基于文本挖掘技术和生物医学数据库对新型冠状病毒肺炎(COVID-19 )相关文献进行数据挖掘分析,探究COVID-19 及其主要症状发热、咳嗽、呼吸障碍相关基因靶点,筛选潜在有效的化学药和中药。方法使用GenCLiP 3 网站获取COVID-19 和其主要症状咳嗽、发热、呼吸障碍共4 个关键词的共有靶点,在METASCAPE 数据库中对其进行基因本体(GO )和通路富集分析,再利用Str... 阅 读 全 部 >
2023 02-06 手把手教你做全基因组DNA甲基化测序分析 大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。本期,我们讲讲全基因组DNA甲基化实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、全基因组甲基化测序技术原理表观修饰不需要改变 DNA 序列便能实现对性状的改变,表观修饰的改变与基因功能乃至细胞状态、发育、衰老、疾病等存在重要的关联。在众多的表观遗传修饰中,最为重要且研究最为...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023 02-05 7个数据库搞定近5分sci?简单又实用!跟着抄就对了! 7个常用数据库拿下肿瘤3区文章,你还犹豫什么最常用的生信分析在线数据库+最简单的生信分析思路=2021年10月发表在Frontiers in genetics(IF:4.772)的肺腺癌生信分析文章——《 RAB11FIP1: An Indicator for Tumor Immune Microenvironment and Prognosis of Lung Adenocarcinom...阅... 阅 读 全 部 >
2023 02-05 基于生物信息学的乳腺癌细胞焦亡相关基因多组学分析及相关中药筛选预测 细胞焦亡(pyroptosis)是一种由炎症小体引发的裂解性程序性细胞死亡形式[1],该过程由促炎性半胱氨酸蛋白酶(Caspase)-1、4、5、11的底物gasdermin D介导并伴随炎症和免疫反应[2]。研究发现细胞焦亡可以影响肿瘤的增殖、侵袭和转移[3]。因此,有报道认为诱导肿瘤细胞焦亡是一种潜在的癌症治疗策略[4]。乳腺癌(breast cancer)是目前最常见的恶性肿瘤之一,是女性癌... 阅 读 全 部 >
2023 02-05 基于转录组测序分析干旱胁迫对党参不同组织基因表达的调控 党参Codonopsis pilosula (Franch.) Nannf.是桔梗科多年生草本植物,以干燥根入药,主治脾肺气虚、食少倦怠、咳嗽虚喘、心悸气短、内热消渴等症[1]。在降低血压、提高免疫力、保护血管、改善微循环、增强造血功能等方面疗效显著[2-3]。党参多糖(conopsispolysaccharides,CPPs)是其发挥免疫活性的主要成分,主要由单糖及其衍生物组成,其生物合成主要由... 阅 读 全 部 >
2023 01-29 DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路:干货分享 作者:易基因总体来说,DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先,进行整体全基因组甲基化变化的分析,包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次,进行甲基化差异水平分析,筛选具体差异基因,包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023 01-29 gget: 一款强大的基因组参考数据库的高效查询工具 开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ,以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务),但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。gget文章...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
2023 01-29 别和我说影像组学卷不动了,搞懂这个还愁发不到一区? 楔子1最终目的 大家好,我是鑫仔。我们将用三期推文,讨论一个大家比较感兴趣问题:影像组学研究的最终目的是什么?构想一:我们希望构建分类器或者预测模型,能够帮助我们辅助诊断、评估疗效、预测预后; (这个时候我们建立的科学假设往往是影像组学特征可以反应xxx患者的结局信息)构想二:我们希望影像组学可以为我们提供一种易于获得、非侵入、低消费、3D的方式获得客观测量和评估的特征(定量),作为正常生物过程、... 阅 读 全 部 >
2023 01-29 一文读懂工具病毒如何助力国自然研究? 国家自然科学基金可以帮助研究型临床医生和科学家成长,在成长过程中国自然标书的申请,以及成果的转化,是一个永恒的话题。我们知道,国自然的转化成果类型包括:期刊论文、专利、会议论文、奖励、专著。那么工具病毒是如何助力老师们的国自然成果转化呢?为了便于老师们理解工具病毒的功能与应用场景,我从国自然官网上检索出了腺相关病毒[1]、慢病毒[2]、腺病毒[3]助力,国自然成果转化的期刊论文,进行简要解读...... 阅 读 全 部 >