2023
03-05
03-05
WES（3）snp-filter
其中freebayes,bcftools,gatk都是把所有的snp细节都call出来了，可以看到下面这些软件的结果有的高达一百多万个snp，而一般文献都说外显子组测序可鉴定约8万个变异！这样得到突变太多了，所以需要过滤。这里过滤的统一标准都是qual大于20，测序深度大于10。过滤之后的snp数量如下perl -alne ‘{next if $F[5]<20;/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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其中freebayes,bcftools,gatk都是把所有的snp细节都call出来了，可以看到下面这些软件的结果有的高达一百多万个snp，而一般文献都说外显子组测序可鉴定约8万个变异！这样得到突变太多了，所以需要过滤。这里过滤的统一标准都是qual大于20，测序深度大于10。过滤之后的snp数量如下perl -alne ‘{next if $F[5]<20;/...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-02
06-02
30 天学会R DAY 14：R语言必学包dplyr
R语言非常讲究数据的整理，我们在7-13天的R语言学习内容中，着重都是关于R语言的整理，各种方法对数据进行整理，查看，对变量进行转换。dplyr包，主要也用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度。这个包对数据处理的方式相对之前的方法，更加简单，是医学数据分析必须要掌握的包。dplyr包存在着上百个函数来帮助进行数据的整理，由于篇幅的关系，本...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-02
06-02
收藏|零基础学R，数据框-单表操作来啦
小助理说：今天是你学习R的第4天，每一串代码都有它故事，从bug制造机到修改高手，你的每一步都是在成长。预计阅读时间3分钟文章目录1 按行操作1. 1 过滤1.2 排序1.3 添加新行2 按列操作2.1 过滤2.2 添加新列2.3 变量重命名3 管道操作通常我们将EXCLE表格或者分隔符分割的文本文件导入R中进行处理，这些数据在R语言称为数据框也可以叫做数据集，数据框中的行、列也分...阅读全文&... 阅 读 全 部 >