一、根底知识1. 解密表观遗传学的三个方向与测序办法1. 探究染色质的敞开性（chromatin accessibility）ATAC-seq: Assay of Transposase Accessible Chromatin sequencingDNase-seq: DNase I hypersensitive sites sequencingFAIRE-s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
前语ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理ATAC-Seq要求有必要有2次或更多次生物学重复（非常珍贵或者稀有样本除外，但有必要做至少2次技能重复）。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性，实际情况并不完全与预期一致。怎么点评重复样本的重复性的好坏？怎么得到一致性的peaks?这一节将介绍两种办法：1. 用Bedtools进行简略的overlap合并...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
前言：后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关 染色质可接近性的文章，考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解，所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。（视频讲者：张健教授团队张月明）主要内容启动子、增强子的概念什么是基序（motif）什么是染色质可接近性什么是组蛋白修饰研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ATAC-Seq （Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）作为表观遗传学研究技术大家庭中的重要成员，已经在越来越多的研究中得以应用。其技术原理见：https://mp.weixin.qq.com/s/fVXgsHm8FNtkJFTFZuIQZQ。今天，我们来带大家看...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >