来源：解螺旋·医生科研助手导语我们把筛出来的差异表用一种直观的图表示出来，一般使用热图（heatmap）将差异表达基因进行数据可视化处理，传统的方法采用R语言包里面的（heatmap）函数对其进行绘制，这里重点讲解一下heatmap包各个常用参数的使用，如果要求较高可以采用这种方法来画图。另外，如果要求不高，也可以使用Heatmap builder这个软件做图，窗口化操作，方法简单。...阅读全文... 阅 读 全 部 >
热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至 CNS 顶刊，下至1到 2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服 editor和reviewer 的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。什么是热图...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
说在前面此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。这一期分享 R 语言绘制热图的案例，希望大家通过案例感受 R 语言的强大，同时消除对热图等看似高大上的图形的恐惧感，在文献阅读时更加从容，今后也尝试去绘制这样炫酷的图，如果能够放到文章里面就完美了。什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。我之所以学 ..... 阅 读 全 部 >
热图可以聚合大量的数据，并可以用一种渐进色来优雅地表现，可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低。 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图。参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图： 基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
编者按热图：通过热图可以简单地聚合大量数据，并使用一种渐进的色带来优雅地表现，最终效果一般优于离散点的直接显示，可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低。你还不会画热图吗？不管您是做蛋白组学、代谢组学或者多层组学研究。热图是文章里常见的图，色彩变化丰富的热图为文章亮色不少。热图可以说是生信中最为常见的图形可视化方式，用以展现表达分布模式。热图可以用于解决组学研究的什么问题？根据...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
【Pheatmap 绘制多分组热图】热图作为实验数据分布情况的直观展示方法，已经成为高分文章的不错选择，它不仅可以对数据质量进行具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类。在R中有多个包均可绘制热图，今天小锐给大家介绍一个可以绘制多个分组热图的R包， libarary（pheatmap）。首先是准备工作install.packages("pheatmap")#安装R包library(ph...阅读全文... 阅 读 全 部 >
在之前的《推荐一个快速绘制热图的在线工具》、《如何用Origin绘制“聚类”热图？》和《如何用Origin绘制热图？》三篇文章中，已经为大家介绍过使用OmicShare tools和Origin绘制热图的方法，无需编程，非常简单。而GraphPad Prism也是一个非常受欢迎的科研作图软件，它也可以对数据做归一化、计算相关性、绘制热图。我接下来为大家介绍用GraphPad Prism 绘制热图。... 阅 读 全 部 >
由微生物线、转录组线、小RNA线、蛋白代谢线四个小组组长带领各队组员“浴血奋战”， 经过“重重考验”，数次修改，本篇文章过关斩将，脱颖而出！快来和小编一起观摩这篇优秀的文章吧感谢其他三条线的小组成员的参与，下一篇精彩文章的主笔就是你们！如果你是个地地道道生物科研人，当你想要形象地展示不同分组之间表达量的差异时，第一个被激活的idea是啥？——肯定是热图无疑了。它色彩鲜艳、分明，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台如果你的研究要带上生信，总得了解一下热图，这是最常用的一种数据表现手法了，号称入门必备技术。尤其多用于展示各种基因或RNA在不同样本中的表达，观察其表达模式。但一堆堆的色块让人眼花缭乱，背后的分析方法更让人不知从何下手。今天我们先来初步探一探门道。读热图的解读一幅典型的热图如下，最显眼的是中间像浴室地砖一样的小色块铺成的一片板子，那就是热图本身。本...阅读... 阅 读 全 部 >