基迪奥的GWAS系列课程已经上线3周了，上周收到一位学员（ID：可乐加冰啊）的学习心得。他学完GWAS系列课程后，用学到的技能完成了自己手里数据的分析。值得点赞的是，他把学习心得记录下来与大家分享，希望可以给学习GWAS的同学一个参考。以下是作者的原文（稍作修改）：随着测序技术的不断发展以及价格的不断降低，重测序越来越普及。下面给大家分享一下重测序数据的全基因组关联分析的分析流程。...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
群体结构我们上一节讲到了如何处理vcf文件，那我们这节课给大家讲一下，如何运用处理好的vcf文件进行群体结构计算。首先给大家讲一下为什么要做群体结构呢，举一个简单的例子，黄种人的头发是黑的，白种人的头发是非黑的，你拿这个性状在这俩人种里关联，所有一个人种内特异的SNP都会起来峰，那这个峰还很好看，那这个峰是不是你想要的呢？答案是NO，因为这是群体结构造成的影响。具体的原理我们这里不过多的...阅读... 阅 读 全 部 >
众所周知，全基因组关联分析（GWAS）是研究动植物复杂性状的重要手段。利用GWAS分析可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。但传统GWAS分析存在一些不足，如难以确定具体功能突变，难以解析突变如何影响性状的具体机制，并且有些高阶表型难以定性定量。图1 整合多种类型的组学数据解析基因型-表型间的关联因此，利用中间分子作为表型进行GWAS分析逐渐成为GWAS研究的热点。mGWAS (... 阅 读 全 部 >
本期文章将给大家介绍基因分型策略的相关知识： 1. 四种基因分型技术简要比较 对于GWAS 研究，关键就是需要对目标群体的每个个体开展全基因组水平的基因型检测。4种测序策略所能检测的区域有所区别，如下图示意图所示。图1 四种基因分型策略检测区域的示意图，图中绿色长方块代表对应的测序技术所能检测的区域（1 ）全基因组重测序理论上可以检测基因组范围内所有位置的突变信息，常见检测的突变类似包括：SNP ... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析（GWAS）目前已经成为研究复杂性状和疾病遗传变异的有效手段，但是由于群体结构的存在，导致分析结果出现假阳性。经过数十年的发展，新的方法的不断出现，才使得群体结构对分析的影响进一步降低。Timeline of GWAS目前GWAS主要采取两种实验设计，一种是基于情缘关系的群体（Population-based cohorts）设计；另一种是基于无关个体的病例-对照（...阅读全文&... 阅 读 全 部 >