感谢老俊俊的大力支持。我们会每日跟新，欢迎您关注老俊俊的生信笔记。神器之 computeMatrix + 绘图介绍上期 ” Deeptools 神器之 bamCoverage” 讲到如何将 bam 文件转化为 bigwig 文件可视化每个基因的 reads 覆盖情况，此外如果想对某些特定类型的区域例如 TSS（transcription start site）、TES（transcrip...阅读... 阅 读 全 部 >
来 源：DataCharm/作 者：宁俊骐最近小编在查阅资料的时候发现一个超喜欢的可视化绘制工具- R-smplot，本来想着忙完这段时间给大家直播的时候再系统介绍，但随着对这个工具的学习，还是决定现在就推荐给大家。好了，话不多说，我们直接开始，今天推文的主要内容如下： R-smplot包简单介绍R-smplot包案例介绍R-smplot包简单介绍R-smplot包，s...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
导语GUIDE ╲我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高 的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。 小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分... 阅 读 全 部 >
1、基础描述分析历史上有这样一幅著名的图，它出自1854年的克里米亚战场之中，一名叫南丁格尔的护士利用一幅扇状的玫瑰饼图展示了她所管理的野战医院里不同季节中死于不同病因的病人数变化（见图1），直观地让英国政府看到：每年死于感染的士兵数（即蓝色区域）比死于战场（红色区域）和其他原因（黑色区域）的要多得多，这才终于使得政府开始制定措施改善战地士兵的卫生条件，降低了士兵的死亡率。因此这幅图被称...阅读... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
作者：路遥马亡R语言中文社区专栏作者知乎ID：https://zhuanlan.zhihu.com/c_13540979700布局参数先介绍一个布局参数：#par(mfrow=c(a,b)) #表示在PLOTS区域显示a行b列张图 par(mfrow=c(3,1)) x <- rnorm(100) y <- rnorm(100) plot(x, y, xlim=c(-5,5),...阅... 阅 读 全 部 >
作者：邬书豪，车联网数据挖掘工程师 ，R语言中文社区专栏作者，R语言中文社区负责人之一。微信ID：wsh137552775知乎专栏：https://www.zhihu.com/people/wu-shu-hao-67/activities第一篇请戳：kaggle：R可视化分析金拱门餐厅食物营养性（一）公众号后台回复“金拱门”下载数据集。#比较不同的脂肪率（类别=牛肉和猪肉 & 鸡...阅读... 阅 读 全 部 >
当我开始使用R时，像任何初学者一样，我想要一个真正能够工作的代码和一个最低限度可理解的图像，并且很长一段时间这是我的主要目标，但是一旦这一点完成后，我意识到我的可视化看起来很糟糕，特别是在比较和审查其他博客和网站之后，我开始搜索如何改进我的可视化。下面，创建一个简单且专业的图像的一些技巧，以吸引读者的注意力。01 创建可视化让我们开始一个简单的可视化，来自diamonds数据集的直方图。1.1 包... 阅 读 全 部 >
Seurat对象剖析以及Seurat Command List前景回顾首次揭秘！不做实验也能发10+SCI，CNS级别空间转录组套路全解析（附超详细代码！）过关神助！99%审稿人必问，多数据集联合分析，你注意到这点了吗？太猛了！万字长文单细胞分析全流程讲解，看完就能发文章！建议收藏！（附代码）秀儿！10+生信分析最大的难点在这里！30多种方法怎么选？今天帮你解决！ ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
在表观多组学联合分析中，我们经常会遇到想对某个区域可视化，每当看到高分文章里漂亮的tracks图，就羡慕不已。今天小编就给大家介绍一款非常好用的python包—pyGenomeTracks，它能够满足Hi-C、ChIP-seq/ATAC-seq、RNA-seq和BS-seq等多种组学数据类型。接下来，就让我们一步步了解下如何实现的吧！pyGenomeTracks的使用方法很简单易懂，首先需要生成相... 阅 读 全 部 >