福尔马林固定石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本是临床上长期保存病理样本的常用方法，其可以和有价值的临床数据（如患者临床资料，患者生存预后信息，用药和治疗疗效等）相关联，为确定疾病的发生发展机制研究、生物标志物和药物靶标提供了巨大的资源 ，是进行回顾性研究的不二之选。但这种FFPE处理方式会使组织中的核酸发生不同程度的降解，在过去由于技术...... 阅 读 全 部 >
DisGeNET数据库是一个与疾病相关的基因数据库，整合了来自各种存储库（包括孟德尔，复杂和环境疾病）的人类基因疾病协会（GDA）和变异疾病协会（VDA）的信息。具体技术包括对基因-疾病词汇的mapping、DisGeNET本体分析。网址：https://www.disgenet.org/目前的版本DisGeNET v4.0，包含17,381个基因，15,093 种疾病、异常和...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
GenAlex是一款应用于EXCEL的生物数据分析工具插件，运行后可以在Windows的excel中使用，功能强大又好上手。它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。GENALEX还提供了一系列基于频率的分析， 20多种不同的图表总结数据辅助检测。除此之外，序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式。操作步骤建立一个表格，第一行首先写上位点数，个体数，居群数，然后开始与第二行对应标... 阅 读 全 部 >
Structure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断，进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000，跑100000代，k设为1-20，每轮运行10次。序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式，SSR用Genalex转为structure可识别的格式。操作步骤打开s... 阅 读 全 部 >
GENEPOP是一个非常实用的群体遗传学分析软件 ,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。下面我们就来介绍一下它的使用方法。操作步骤先用GenAlEx把数据转为Genepop格式格式转好了放到程序目录下，删除其他之前运行剩下的结果文件，仅保留三个文件运行软件，输入输入文件的名称确认信息，回车可以进行很多项分析一共有8个选项：1.Hardy-Weinberg test:进行种群内各位点的平衡状态及种... 阅 读 全 部 >
选自Authorea参与：路雪、刘晓坤、李亚洲arXiv 是当前最流行的预印本库。自 1991 年创办以来，arXiv 为研究者提供了一个在正式同行评议之前分享预印本文章的平台。新技术使文档创建和分发更加便捷，文化实践推动合作和数据共享，这使得 arXiv 快速发展，日渐流行。arXiv 在研究交流和 Web 历史上占据独特的位置，但是它自创建以来几乎很少改变。在此文章中，我们看一下 ...阅读全... 阅 读 全 部 >
选自 Medium作者：Eddie Smolyansky参与：刘晓坤、王淑婷还在机器学习论文的海洋里忘我沉沦？先花几分钟学些新工具，不亏，论文阅读、评论、社交、管理、搜索、复现、写作全不误。作为像深度学习这样高产领域的研究人员，我们经常会发现自己被论文的汪洋所淹没。这些论文是如此之多，想全部读完并跟踪最新研究似乎很难很难。我觉得形成这种局面的一个重要原因是，我们没有充分利用现有工具和服务来让工作变... 阅 读 全 部 >
做科研、查找阅读文献已经够难了，最后写论文的时候有没有什么办法能够减轻科研狗的痛苦？当然有，今天小通就介绍一个科研辅助神器！海量文献资源注册即可下载阅读！给大家介绍的这个网站，有近万种期刊论文模板供大家使用，减少写论文时，苦苦纠结论文格式、排版的问题，还有很多你意想不到的傻瓜式论文写法等你来撩。网址：https://www.authorea.com点击网站首页右上方的“GET STARTED...... 阅 读 全 部 >
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本文首发于“百味科研芝士”微信公众号，转载请注明：百味科研芝士，Focus科研人的百味需求。什么事最让博士犯愁？感觉有大部分人都会把票投给毕业~每到毕业季，总有一票科研狗会在论文修改上疲于奔命！甚至有些人在文印室核对论文时仰天长啸：“又搞错版本啦！”为啥搞错版本？举个例子，实验室今年有两个师兄要毕业，老板改起论文也是焦头烂额，这样一来二去，邮箱里的各个...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >