特发性肺纤维化是一种慢性、进行性且最终致命的肺部疾病，其特征是肺功能不可逆性恶化，主要发生于50岁及以上人群 ［ 1］。其病因及发病机制尚不明确，目前认为与遗传易感性、环境污染和职业暴露有关 ［ 2］。特发性肺纤维化早期发病隐匿，病情逐渐加重，确诊时大多为疾病晚期，诊断后中位生存期仅有2～3年，且有研究表明15%特发性肺纤维化患者最终发展为肺癌 ［ 3］。目前除肺移植外无任何其他治疗手段显示出生存... 阅 读 全 部 >
刚开始做 Western blot 的同学们想必都大多都是研究生，虽然科研经历还不是特别丰富，但情感经历一定都比较丰富吧。同学们想想自己刚谈恋爱的时候，你刚喜欢一个人却还没表白之前，是不是每天都要想尽一切办法了解他/她的爱好，他/她的习惯，他/她每天的路线等等，等你心里有数之后再开始考虑如何表白？做实验也一样，在开始 Western 之前，尽可能多的了解你的目的蛋白，这和谈...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1A + Supplementary Figure 1A大家好，我是阿琛。在上一期内容中，我们介绍了如何下载TCGA数据库，TARGET数据库，CCLE数据库等来源的表达数据，以及注释信息的初步整理（“ 首发！跟着IF12的NC学单细胞测序分析，超详细！专为小白定制！（附代码） ”）。 一图胜千言。数据下载完成后，接下来我们先需要对... 阅 读 全 部 >
作者：丁点helper来源：丁点帮你前面我们已经讲完两组比较的非参数检验，类似t检验与方差分析，当比较的数据超过两组时，我们就需要换一个方法了。非参数K-W检验，相比前文讲解的Mann-Whitney 检验就是这样，我们可以把它理解为“非参数检验的方差分析”。K-W检验的全称为，Kruskal-Wallis检验，它是用于正态分布条件不满足情况下，多组独...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
染色质环（或染色质相互作用）是染色质结构的重要组成元素（图1）。染色质环的破坏与癌症、多指畸形等多种疾病有关。目前，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq等技术可用于检测特异性蛋白质介导的高分辨率染色质环。近年随着3D基因组研究的快速进展，ChIA-PET、HiChIP和PLAC-Seq的数据集不断积累，亟需对这些数据集进行有效的收集和处理。图1. 染色质环（Chromatin loop... 阅 读 全 部 >
1. 概述1.1. 背景及分析流程简介为了理解细胞中更为复杂的生物过程，许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件（例如各种治疗条件，几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平）下的转录因子结合，组蛋白修饰的差异。差异富集在生物学和医学研究中已变得具有实际重要性。为了建立对比条件消除误差，我们对数据进行了以下流程处...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA），对多个序列进行对位排列。这通常需要保证序列间的等同位点处在同一列上，并通过引进小横线（-）以保证最终的序列具有相同的长度。在生物信息分析中，我们有时需要进行多序列比对，Biopython可以帮我们实现，特别是使用linux系统的同学，biopython值得拥有。两种读取方法Biopython提供了两种方法读取多序...... 阅 读 全 部 >
众所周知，python在数据分析领域十分常用，而作为数据科学的一个分支，生物信息学也是对python偏爱有加。今天我们就来看看一个功能强大的python生信分析包——Biopython。什么？还不知道？知道又不会用？又out啦各位，现在跟着小编来一步步实现一些很实用的python分析工具吧。征服星辰实现目标预备工作学点语言 装好pyhton当然作为入门，python语言基础还是...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
撰写：生信大师兄 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信发文# #科研热点# #单基因#今天我们分享一篇文章，看单个基因的研究发到5分以上的期刊，需要做哪些工作。文章是2023年1月发表在Comput Biol Med期刊上的研究：Identification and analysis of C17...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
天跟大家分享的是2020年4月发表在Mol. Carcinog.（IF：3.411）杂志上的一篇文章Alternative splicing related genetic variants contribute to bladder cancer risk.在文章中作者作者通过CancerSplicingQTL数据库搜索了位于膀胱癌的sQTL中的SNPs。进行了一项包括580例病例和1,...阅... 阅 读 全 部 >