跟着Nature Communication学绘图之Figure 1的绘制大家好，我是阿琛。在前面讲解的内容中，我们学习了数据的预处理，构建Seurat对象，以及后续的降维分析处理及其可视化过程。接下来，我们来看下如何对PCA分析得到的结果进行可视化展示，以及GSEA分析。可以看到，在图中，图c为PCA分析得到的cPC 特征值按等级排序，包括19,188 个特征值。图d为肿瘤样本在 cPC2 上的... 阅 读 全 部 >
特发性肺纤维化是一种慢性、进行性且最终致命的肺部疾病，其特征是肺功能不可逆性恶化，主要发生于50岁及以上人群 ［ 1］。其病因及发病机制尚不明确，目前认为与遗传易感性、环境污染和职业暴露有关 ［ 2］。特发性肺纤维化早期发病隐匿，病情逐渐加重，确诊时大多为疾病晚期，诊断后中位生存期仅有2～3年，且有研究表明15%特发性肺纤维化患者最终发展为肺癌 ［ 3］。目前除肺移植外无任何其他治疗手段显示出生存... 阅 读 全 部 >
搞生物、基础医学同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。如果你对这些不了解，那就听师兄给你一一道来。下面的内容比较多，平时可以将下面的内容作为目录来收藏，权当做工具辞典来用。长话短说，切入正题。1. 三维分子类RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构RasTop：为 RasMol 2.7.1 的图形用户界面软件...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
刚开始做 Western blot 的同学们想必都大多都是研究生，虽然科研经历还不是特别丰富，但情感经历一定都比较丰富吧。同学们想想自己刚谈恋爱的时候，你刚喜欢一个人却还没表白之前，是不是每天都要想尽一切办法了解他/她的爱好，他/她的习惯，他/她每天的路线等等，等你心里有数之后再开始考虑如何表白？做实验也一样，在开始 Western 之前，尽可能多的了解你的目的蛋白，这和谈...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
在科研领域“升级打怪”，怎能少了生物软件，以下是生物软件兵器库，任君挑选！1. 三维分子RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME：直接在浏览器中观看3D分子MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件raswin.exe.gz：rasmol(...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
作者：Al Sweigart译者：豌豆花下猫@Python猫英文：https://inventwithpython.com/blog/2022/10/30/17-online-python-ides-and-interactive-shellsrepls转载请保留作者及译者信息！安装 Python 很容易，但或许你正在用智能手机/平板电脑，在用不允许安装软件的电脑，或者因为其它原因无法安装 ...... 阅 读 全 部 >
我想知道全球可以在线用Python软件的平台下面是一些可以在线编写 Python 代码的网站：Repl.it：一个支持多种语言的在线编程环境Codecademy：提供互动式 Python 课程HackerRank：提供在线编程挑战赛，包括 Python 题目LeetCode：提供计算机编程挑战赛，包括 Python 题目...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
近期，中国农业科学院畜牧研究所分别在DNA Research以及Scientific Reports上发表了关于贵州小型猪circRNA及lncRNA的相关研究。两篇文章分别从lncRNA和circRNA两方面进行系统的鉴定、特征分析等，构建了全面的基因转录图谱，并进一步揭示了转录后调控的机制。值得注意的是，两篇文章都是基于同一批样本一次建库获得的数据结果。1次测序，2篇文章产出，怎么实现的呢..... 阅 读 全 部 >
介绍Django 是由 Django Software Foundation 开发的 Python Web 框架。这个名字来自爵士吉他手 Django Reinhardt，他曾与 Charlie Parker 和 Dizzy Gillespie 等著名音乐家合作。Django 是一个免费的开源 Web 框架，通过提供快速入门所需的所有工具，包括模板、表单和视图（视图是...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
跟着Nature Communication学绘图之Figure 1A + Supplementary Figure 1A大家好，我是阿琛。在上一期内容中，我们介绍了如何下载TCGA数据库，TARGET数据库，CCLE数据库等来源的表达数据，以及注释信息的初步整理（“ 首发！跟着IF12的NC学单细胞测序分析，超详细！专为小白定制！（附代码） ”）。 一图胜千言。数据下载完成后，接下来我们先需要对... 阅 读 全 部 >