机器学习的兴起为大数据时代掀起新的浪潮。机器学习是人工智能的一个子集，通过泛型算法从数据集中发现模式和相关性并建立逻辑，并根据数据分析结果做出最佳决策和预测。目前机器学习已大量应用于各行各业，助力各产业或科学研究的深度提升。美国加州斯坦福大学的Tony Wyss-Coray团队于2022年6月在Nature Reviews Genetics上发表的一篇名为“Measuring biolo...阅读... 阅 读 全 部 >
作者简介taoyan：R语言中文社区特约作家，伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/简介本文将绘制静态与交互式热图，需要使用到以下R包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
往期我们学习过一个表达趋势折线图+模块热图+GO富集注释的组合类图表绘制，详情可戳：《炫一个模块热图+GO功能富集组合图展示空间功能特征！》 ，后期图表美化主要使用AI完成，如下图。这两天看到另一个比较有意思的R包ClusterGVis，可以同时完成聚类+富集，并生成发表级的组合图表，效果如下。非常方便省事，适合懒人。下面就来学习一番！#相关R包下载与载入：devtools::install_gi... 阅 读 全 部 >
正常情况下，我们绘制的常规热图都是直直的，这样更便于我们进行数据的展示和阅读；但上周收到小伙伴的问题：能不能把热图“卷”起来，绘制环状的热图？当然也是可以的，我们先看几个文献中的案例：（ BMC Genomics ，2018） （ Microbial Biotechnology , 2017） （ Cell ，2021） 环状热图我们也经常会在论文中看到，用法和热图相同，但更适合于需要展示较多基因... 阅 读 全 部 >
R语言栅格时间序列回归分析——整体和逐像元计算，并行计算前面给大家分享了 2001-2020年1km分辨率中国降水量数据 ，有同学问如何做回归分析，接下来以一元线性回归举例，从整体上和逐像元两种方法来计算。使用的R语言程序包terra 包，栅格计算，支持并行计算tidyverse 包，R语言数据处理可视化必备，内含 ggplot2ggpmis...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。在全球范围内，牛为60多亿人提供了重要的营养来源。传染病是养牛生产的主要限制因素，且许多疾病人畜共患，因此与人类健康直接相关。近年来牛的许多复杂性状遗传基础得到了广泛研究，但不同动物的大量重要表型变化仍无法解释，人们越来越关注非遗传变异（包括基因表达、DNA甲基化和染色质）与重要牛表型的潜在相关性。为充分了解牛性状的非遗...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
生信分析类研究，可以说是近两年火热的科研话题了。随着大数据时代的来临，「拍脑门」想选题的时代已一去不复返，从「别人的数据中」挖掘出自己所需的研究核心已经是大势所趋。更何况，据传说——做生信分析的人可以「不做实验」、「无需编程」、「坐在电脑前」、「轻松发文章」。哇！想想都能笑出声来……忍不住暗搓搓的摩拳擦掌一番，打开一篇生信文章，一窥其真容，看看能不能从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA），对多个序列进行对位排列。这通常需要保证序列间的等同位点处在同一列上，并通过引进小横线（-）以保证最终的序列具有相同的长度。在生物信息分析中，我们有时需要进行多序列比对，Biopython可以帮我们实现，特别是使用linux系统的同学，biopython值得拥有。两种读取方法Biopython提供了两种方法读取多序...... 阅 读 全 部 >
今天的文章是Python开发资源，总计42个大类，一共347项。（Python的东西实在太多了，一个人整理简直是自寻死路，大家如果有比较好的资源，这里又没收录的，可以在评论留言，我会补充进来~）以后有什么想查找的资源，就来这里吧~Python实现算法和设计模式algorithms- Python的一个算法模块PyPattyrn- 一个用于实现常见设计模式的简单而有效的库...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
Python开发的方向太多了，有机器学习，数据挖掘，网络开发，爬虫等等。其实在生信领域，Python还显现不出绝对的优势，生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的，而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西，而且Python这些年越来越火，发展势头远超其他脚本语言，所以学它肯定是没错的。一、入门标准入门比较难定义，什么程度才算入门呢？掌握基本的语法，熟... 阅 读 全 部 >