随着技术的进步和革新，高通量的数据越来越容易，在SCI文章中也越来越重要。不管是转录组学还是蛋白质组学，对分析得到的差异分子进行聚类，最先想到的，必然是GO富集分析。GO富集分析在很多文章中都成为Figure的一部分，一张好看的GO分析图，是可以给数据加分的。在此，小编在此给大家分享最常见的GO分析图的绘制，保证手把手学会哟。壹软件运行准备Prism和excel，小编用的是Prism 8版本，以及... 阅 读 全 部 >
寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关，例如，比较患病个体与正常个体的组织表达谱，不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程、信号通路等，导致了疾病的发生。前面已经讲了如何使用DESeq2、edgeR基于转录组测序获得的基因表达值鉴定差异表达基因。那么，后续如何继续通过生信分析的方法，探索差异表达的基因发挥...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
前面已经讲述了R包用clusterProfiler做GO富集分析clusterProfiler的GO富集分析方法，本篇继续演示R包goseq的GO富集分析。相比clusterProfiler中的GO富集分析方法，goseq的特别之处在于，不再使用超几何分布（Hyper-geometric distribution）检验，而是使用了Wallenius non-central hype...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。1.点击文末“阅读全文”，获取DAVID在线数据库网址链接。打开后如下（部分）：2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下： 3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因：第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字；第二种方法是利用B：Choose ..... 阅 读 全 部 >
我们上一期介绍了数据挖掘中的表达量挖掘法（回顾戳这里☞），相信大家都已经了解了四大利器的威力，那么今天我们就带大家接着了解一下功能挖掘法和寻找“明星”的数据挖掘方法吧。图1.转录组数据挖掘常用方法功能挖掘法虽然我们进行了表达量的挖掘，但是每个基因在生物过程中都具有它们独特的功能，仅关注表达量的信息，会让我们漏掉非常多的信息。因此我们不能局限于表达量挖掘，而忽略了基因的功能。数据的挖掘除了...阅读... 阅 读 全 部 >
GO分析相信是所有小伙伴都需要用到的，那么，我们如何使用R中的GOplot包绘制一张完美的GO富集分析图呢？首先，我们打开R，用以下命令进行 G O p l o t 包的安装install.packages('GOplot')#安装GOplot包安装完后，我们将R包及分析好的GO数据导入library(GOplot)#导入R包data(EC) #导入数据head(EC$david)#...阅读全文... 阅 读 全 部 >
Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
大家好，今天和大家分享的是一月份发表在Front Aging Neurosci(IF：3.633)杂志上的一篇文章，“Integrative Analysis of Hippocampus Gene Expression Profiles Identifies Network Alterations in Aging and Alzheimer’s Disease”，文章中作...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。预备知识1：转录本是什么？转录组测序的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下，用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。基...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
❝如大家所知，RNA是由DNA转录而来的。然而，作为一个转录本来源的DNA转录区域却不一定是由某个连续DNA片段提供的，其中甚至可能有间隔DNA转录区的交叉，不同区域不同顺序的转录产物共同组成一个转录本，极大增加了DNA产生RNA的复杂度。高通量测序和表达谱芯片可以检测这种非常有意义的转录本剪接，今天小编就带大家简单了解一下可变剪接。❞概述可变剪接是指从...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >