干货 | 蛋白质组学原始数据上传流程

1. 介绍

一般蛋白质组学数据用于文章发表时，杂志会要求上传质谱数据至公共数据库，供同行下载和分析。ProteomeXchange 是目前使用最多的蛋白质组学数据储存平台。ProteomeXchange旗下的成员包括PRIDE (EMBL-EBI,Cambridge,UK)，PeptideAtlas(ISB, Seattle,WA,USA)，MassIVE (UCSD,San Diego,CA, USA)，jPOST (various institutions,Japan)，iProX (National Center for Protein Sciences,Beijing, China)，Panorama Public (University of Washington, Seattle, WA, USA)。

图片来自ProteomeXchange官网

http://www.proteomexchange.org/

其中iProX的服务器在中国，国内的研究者可选择 iProX上传蛋白质组学数据，速度相对较快。下面以 iProX为例展示数据上传流程，其他平台上传方式类似。

2. iProX 上传前准备

3. iProX 数据上传流程

iProX 两种数据提交方式支持的文件类型

上传数据时，首先选择数据提交方式（Complete submission 或 Partial submission）和提交途径（Upload by Browser 或 Upload by Aspera）；然后点击“+Add file”，选择需要上传的数据文件；文件的 file type 和 Source/result file 可根据情况进行调整；点击“Start upload”开始上传数据。