人类基因组计划自启动以来，目前已经出了很多版本的人类基因组，例如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38。为了将不同版本的基因组位置信息一一对应，UCSC 推出了一个基于基因组序列的转换工具LiftOver。它能够快速准确的将不同版本的基因组坐标进行相互转换，已被广泛应用于各种基因组研究之中。UCSC 分别提供了网页版和Linux命令行两个版本的LiftOver工具。网页版工具的输入文件大小限制为500M，当遇到比较大的文件时，需要使用Linux命令行版本进行转换。本文将通过实际例子介绍如何通过LiftOver两个版本的工具进行基因组坐标的转换。
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网页版LiftOver使用介绍
进入UCSC主页（http://genome.ucsc.edu/），点击菜单栏上的Tools -> LiftOver进入LiftOver页面
其中主要的参数说明如下：
- Original Genome: 原始的物种基因组，有很多物种(human, mouse, dog等)，这里选择Human;
- Original Assembly: 原始物种的基因组版本，根据需求选择，这里选择CRCh37/hg19;
- New Genome: 新的要转换的物种基因组，根据需求选择，这里选择Human;
- New Assembly: 新的要转换物种的基因组版本，根据需求选择，这里选择GRCh38/hg38;
- 输入文件：bed文件格式，可以复制粘贴输入，也可以上传文件进行输入，这里输入测试的hg19的bed坐标文件
待所有参数和数据准备完成，点击Submit/Submit File提交，进行转换。示例结果如下：
点击View Conversions下载结果，就得到了转换后的hg38基因组的坐标文件。
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命令行版本LiftOver使用介绍
进入http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/下载页面，根据自己的系统选择对应版本的工具文件进行下载，这里以linux.x86_64的版本为例。
同时，根据下面的链接，按照不同基因组版本下载转换需要的map.chain注释文件https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz
https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz
在Linux服务器下面，参考下面的命令行进行操作。
#命令行
liftOver test_file.bed hg19ToHg38.over.chain test_file_hg38.bed test_file_unmapped.bed
#test_file.bed：输入的bed文件
#test_file_hg38.bed：转换成功的bed坐标文件
#test_file_unmapped.bed：转换失败的bed坐标文件
至此，我们已经掌握了如何利用网页版和命令行LiftOver工具进行不同版本基因组坐标的转换，在实际应用中，用户可以根据自己的习惯进行选择网页版和命令行版本进行操作。下期，我们将介绍如何利用UCSC Table Browser提取dbSNP rs号在基因组上的坐标信息。
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