2022
10-06
10-06
超详细教程│GSEA基因集富集分析
做转录组分析时，我们通常会筛选差异表达基因进而对这些差异表达基因进行功能富集分析（下面简称常规富集分析）。不知道大家有没有遇到过以下情况：差异基因少而富集不出来感兴趣或相关的功能/通路，或者差异表达基因虽然很多，但是没有富集到感兴趣的通路或者GO功能？此时，可以试试GSEA分析。那么问题来了，GSEA是什么？全名Gene Set Enrichment Analysis，也就是基因集富集分析！GSE... 阅 读 全 部 >
之前使用clusterProfiler包进行GSEA富集，得到的标准的GSEA富集结果图中只展示基因集的ES排序，但在图中不能标注基因，一直令我比较头秃。但最近看到一个R包GseaVis，刚好可以和clusterProfiler互补，使之能轻松在GSEA标准图上标注候选基因，同时也支持点阵图样式，非常简单！今天就来用用看！#部分所需R包安装与载入：devtools::install_github(...