从小白的角度，一刻钟复现生信套路各位小伙伴大家好，这里是美丽专栏。前面两期，我们复现了两篇非肿瘤生信文献，今天，我们继续开展非肿瘤文章的复现。话不多说，开始今天的复现之旅吧。往期传送门 TCGA+GEO单基因生信SCI，15分钟手把手带你复现（内附详细操作教程）最简配的2区生信SCI长啥样？360度无死角让你彻底搞懂，复现！思路原理都在这里了！建议收藏！（附详细操作过程） 别不信！近...阅读全文... 阅 读 全 部 >
还记得我们前两天培训中的Loupe可视化软件的内容吗？今天我们就趁热打铁一起来重温一下。文章很长，建议收藏，反复查看！10x Genomics拥有从实验到数据分析一套完整的单细胞解决方案，single cell analysis pipelines（Cell Ranger）和可视化的互动分析软件（Loupe Cell Browser）是解决方案中的亮点，10x转录组数据必经...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
论文：Peripheral whole blood lncRNA expression analysis in patients with eosinophilic asthma（嗜酸粒细胞哮喘患者外周血INcRNA表达分析）MRNA和INcRNA的DGE分析我们分析了外周全血的转录组。电针组与对照组之间的表达模式有显着性差异。用2倍的表达差异作为截止点，共有41份incRNA转录...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
大黄为蓼科植物掌叶大黄Rheum palmatumL.，唐古特大黄R. tanguticumMaxim. ex Balf.或药用大黄R. officinaleBaill.的干燥根及根茎，具有利湿退黄、凉血解毒、逐淤痛经、清热泻火等功效。现代研究表明，大黄酸、大黄素、大黄酚、大黄素甲醚和芦荟大黄素5种蒽醌类物质是大黄主要的药效成分，具有泻下、抗菌、抗炎、抗肿瘤、利尿、抗凝血、抗衰老、免疫调节等多种药... 阅 读 全 部 >
lncRNA功能和机制的研究，成为了现如今科学界的“新宠”。超高的关注率，说明在这个领域能发表一篇高水准的科学论文，需要付出更多的努力和超前的思路。今天，就为大家带来Nature Genetics的一篇关于lncRNA的文章，让小编给大家一步步解释作者是如何通过整合公共数据库的结果，验证了作者的科学假设，发表了大N G。简单介绍：论文题目：Modulation of long no...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
基因表达的改变是植物适应环境变化的一种机制。热是一种非生物胁迫，可以在许多方面影响植物。平均温度的微小变化会导致平均产量的降低。繁殖期间严重的热胁迫事件会导致结实率的重大变化。营养早期的热胁迫事件会导致叶片衰老和生长速率降低。植物转录组分析发现，许多基因在非生物胁迫下表现出转录物丰度的变化。热休克因子(HSF)转录因子(tf)在热胁迫下被激活，并通过与顺式作用元件的相互作用调节许多基因的表达...... 阅 读 全 部 >
毫无疑问多组学联合的实验设计对于解析生物学问题是十分有效且敏感的。相对于单组学来说，起到的是1+1>2的作用。多组学就像是一条河流，从最初的DNA（基因组）到转录水平（转录组）以及解析来进行翻译（蛋白组），以及下游对于代谢物质的研究（代谢组）。同时还有多种表观修饰发挥作用（表观组学），不同的外部微生物环境也会造成差异（微生物组）。从变异或者表达水平单方面去解析生物学问题，毫无疑问在当今...... 阅 读 全 部 >
LncACTdb 2.0数据库食用指南Hello，小伙伴们大家周三好~本周我们继续来讨论一下lncRNA的一个大热功能，也就是lncRNA的ceRNA机制。ceRNA是个啥，相信各位小伙伴们已经非常清楚了，无论是酸谈老师的直播还是文献品谈会都介绍了大量的ceRNA的案例文献。在ceRNA的机制中，一共有三个变量参与，以lncRNA为例，最最常见的ceRNA结构就是lncRNA—miRNA以及miR... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析（GWAS, Genome-wide association studies）是研究复杂疾病的遗传基础的策略之一。在肿瘤研究领域中，几乎所有常见恶性肿瘤的GWAS均已完成，并确定了与风险增加相关的450多个遗传变异。这些研究不仅揭示了致癌的新途径，而且还表明了常见的遗传变异大幅增加了许多常见癌症的遗传风险。GWAS有望应用于药物研发和癌症预防，助力精准预测、诊断和治疗。当前G...... 阅 读 全 部 >
日前，Nature Communications 发表了来自军事医学科学院放射与辐射医学研究所研究员周钢桥课题组关于肝癌的最新研究。研究利用单细胞转录组测序绘制了原发性及转移性肝癌单细胞图谱，揭示了肝癌微环境的免疫细胞群体的构成并评估了慢性 HBV/HCV 感染与 T 细胞浸润和耗竭之间的关系。同时，研究还发现一群与肝癌进展及转移密切相关的 MMP9+ 肿瘤相关巨噬细胞（TAM），在...阅读全文... 阅 读 全 部 >