单基因的生信分析和实验验证，过5分很容易！？

撰写：生信大师兄 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末

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今天我们分享一篇文章，看单个基因的研究发到5分以上的期刊，需要做哪些工作。

文章是2023年1月发表在Comput Biol Med期刊上的研究：Identification and analysis of C17orf53 as a prognostic signature for hepatocellular carcinoma：

期刊Computers in Biology and Medicine是Elsevier出版社旗下的期刊，影响因子6.698，JCR Q1区，2021年12月升级版中科院三区（工程技术）。

研究围绕C17orf53在肝癌中的意义和功能展开，主要分析和实验内容包括：

1.使用UALCAN、Human Protein Atlas (HPA)、Kaplan-Meier Plotter、Tumor Immune Estimation Resource (TIMER)、cBioPortal、GEPIA、GeneMANIA和LinkedOmics。

2.利用小干扰RNA (siRNA)对SK-Hep-1细胞进行功能分析。C17orf53在HCC患者中高表达，预测生存不利。与B细胞、巨噬细胞、树突状细胞丰度呈正相关。

3.还鉴定出126个与C17orf53及MCM8呈正相关的基因。这些基因主要富集于细胞周期、DNA复制和范可尼贫血通路。

4.下调C17orf53可显著抑制SK-Hep-1细胞的增殖，降低MCM8、cyclin D1和增殖细胞核抗原(PCNA)的表达。

下面我们看一下图表结果：

图1. C17orf53在肝细胞癌中的表达。

图2. C17orf53在HCC中的预后价值。

图3.HCC中C17orf53与免疫浸润的关系。

表1. HCC中C17orf53与免疫细胞不同基因标记的相关性。

图4. MCM8在HCC中的表达及预后价值。

图5. HCC中与C17orf53和MCM8相关的差异表达基因。

图6. 关键基因分析。

图7. C17orf53的体外功能分析。

稍微总结一下，这个研究用的工具主要以在线工具为主，围绕基因C17orf53在肝癌中的表达、预后、免疫浸润和相关基因进行分析，发现C17orf53在HCC中高表达，并通过相关性分析和文献报道找到可能靶基因（C17orf53又叫MCM8IP），最后通过细胞水平简单验证。

值得一提的是：这篇文章基本没有使用代码，展示的结果中主要是在线工具；就工作量来说，分析和实验内容略显简单，可以增加的内容还蛮多的：多株细胞系的表型、体内动物层面结果、上下游机制的探索以及自收样本的验证等。

最后编辑：2023-05-14

作者：萌小白

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